پس از مدتی، تحصیل دروس خارج اصول و خارج فقه را به‌شکل متمرکز و مستمرّ در محضر مرحوم آیت‌اللّه العظمی شیخ جواد تبریزی ادامه داد و به تکمیل و تحکیم مبانی فقاهت حوزوی پرداخت. استاد سیّد محمّدمهدی میرباقری در کنار تحصیلات فقهی و اصولی، از فراگیری فلسفه و منطق نیز باز نماند و این دروس را در سطوح عالی، از محضر آیت‌اللّه مصباح یزدی، آیت‌اللّه انصاری شیرازی، آیت‌اللّه جوادی آملی و آیت‌اللّه حسن‌زاده آملی آموخت.

میرباقری همزمان با فراگیری دانش‌های حوزوی، از سال ۱۳۵۹ در دروس دوره مقدمات و سطح حوزه به تدریس پرداخت و از سال ۱۳۷۹، تدریس دروس خارج اصول و فقه را به‌شکل رسمی آغاز کرد. ایشان در مدت بیش از دو دهه، یک «دوره کاملِ خارج اصول» را به پایان برد و ابواب مختلف فقهی همچون «بیع، مکاسب، خمس، زکات، اراضی، انفال و…» را تدریس نمود.

وی از همان اوایل دوران تحصیل، نسبت‌به فهم عمیق مسائل اساسی جامعه و حرکت تمدّنی انقلاب اسلامی، حسّاس و پیگیر بود و به این باور رسیده بود که برای «مقابله با فرهنگ سکولار غربی» و «بسط اندیشۀ اسلامی و انقلابی» در دوران کنونی، نیازمند یک زیرساخت معرفتی و طرح فکری هستیم تا محورِ کنش‌گری در میدان درگیری انقلاب اسلامی با تمدّن مادی باشد.

در این مسیر، بر اثر انس و آشنایی با برخی از اساتید و بزرگانِ اخلاقی و معرفتی و بالاخص بهره‌مندی از اندیشه‌های عمیق متفکر فرزانه استاد سید منیرالدین حسینی شیرازی، فعّالیت‌های فکری و اجتماعی میرباقری به دو حوزه «فرهنگ عمومی» و «مسائل علمی و تخصصی» معطوف شد.

در حوزه فرهنگ عمومی، دغدغه اصلی ایشان عبارت است از «ارتقا سطح معرفت دینی و سلوک اخلاقی جامعه بر مدار قرآن و معارف اهل‌بیت علیهم‌السلام» و همچنین «ارتقا بینش اجتماعی مردم از طریق ارائه تحلیل‌های کلان از روند تحولات ملی، منطقه‌ای و جهانی». وی تلاش کرده است که بر محور منابع دینی، مسائل مختلف جامعه را با رویکرد کلان تاریخی و معطوف به مأموریت‌های جهانی و آخرالزّمانی ملّت بزرگ ایران تحلیل و تبیین نماید.

در حوزه مسائل علمی و فرهنگ تخصصی، دغدغه اصلی ایشان، تلاش برای ارتقا مقیاس فعّالیت‌های علمی و پژوهشی حوزه و دانشگاه و رفع خلاءهای تئوریک نظام در طراز مأموریت‌های تمدّنی انقلاب اسلامی بوده است.

تدریس مباحث حوزوی با رویکرد تحولی و تکاملی، از قبیل دوره «مبانی فقهی و کلامی ولایت فقیه»، فلسفه اخلاق»، فلسفه اصول»، «مبانی فقه حکومتی»، «شرح اصول کافی» و…. حضور در محافل علمی حوزوی و دانشگاهی و هم‌اندیشی با نخبگان جوان، و همچنین شرکت در میزگردها و مناظرات علمی با هدف دفاع از گفتمان فکری انقلاب اسلامی و نقد جریان‌های سکولار و ارتباط فکری گسترده با فعّالان و کنش‌گران جهادگر و انقلابی بر محور تحقق «بیانیۀ گام دوم»، و نیز تعامل جدی با مسئولانِ دغدغه‌مند و دلسوزِ نظام جمهوری اسلامی از جمله فعالیت‌های وی است.

حضور مستمرّ در مجالس، محافل و هیئت‌های مذهبی و تبیین تدریجیِ «منظومه فکری دینی و معارفی»، و همچنین ارتباط وثیق معنوی با بدنه عمومی مردم و شرکت در برنامه‌های رسانه ملی همچون برنامه «سمت خدا» و سایر برنامه‌های گفت‌وگومحور در جهت تبیین و افق‌گشایی در موضوعات دینی و اجتماعی، سرپرستی و راهبری بعضی از مؤسّسات و مجموعه‌های علمی و فرهنگی همچون «فرهنگستان علوم اسلامی» و مدرسه معارفی درایه» و کاندیداتوری در انتخابات دوره پنجم مجلس خبرگان رهبری و کسب رأی اول مردم استان البرز و حضور در این مجلس به‌مدّت هشت سال. از سوابق وی است.

از میرباقری کتب و آثار مختلفی در موضوعاتِ «تأمّلات قرآنی، معارف اعتقادی و اخلاقی، اخلاق و سلوک، بینش اجتماعی، گفتارهای فقهی و اصولی و گفتارهای فلسفی» منتشر شده و یا در حال تنظیم و انتشار است.